Vraag 19: Resterende onderzoekshypothesen (leesopdracht)

De resterende onderzoekshypothesen kunnen niet meer rechtstreeks uit het regressiemodel worden afgeleid. Hiervoor zullen we contrasten moeten definiëren: lineaire combinaties van de modelparameters. We zullen de contrasten met het multcomp package evalueren. Dit zal ons ook in staat stellen om te corrigeren voor meervoudig testen, aangezien we meerdere hypothesen beoordelen om de relevante onderzoeksvragen te beantwoorden.

Alle hypothesen van interesse worden hieronder opgelijst:

• Log fold change tussen histologische klasse 3 en histologische klasse 1 bij patiënten met onaangetaste lymfeklieren

\(H_0: \log_2{FC}_{g3n0-g1n0} = \beta_{g3} = 0\) \(\rightarrow\) “grade3 = 0”

• Log fold change tussen histologische klasse 3 en histologische klasse 1 bij patiënten met verwijderde lymfeklieren

\(H_0: \log_2{FC}_{g3n1-g1n1} = \beta_{g3} + \hat\beta_{g3n1} = 0\) \(\rightarrow\) “grade3+grade3:node1 = 0”

• Log fold change tussen onaangetaste en verwijderde lymfeklieren bij patiënten van histologische klasse 1

\(H_0: \log_2{FC}_{g1n1-g1n0} = \beta_{n1}\) \(\rightarrow\) “node1 = 0”

• Log fold change tussen onaangetaste en verwijderde lymfeklieren bij patiënten van histologische klasse 3

\(H_0: \log_2{FC}_{g3n1-g3n0} = \beta_{n1} + \hat\beta_{g3n1} = 0\) \(\rightarrow\) “node1+grade3:node1 = 0”

• Verschil in log fold change tussen patiënten van histologische klasse 3 en histologische klasse 1 met verwijderde lymfeklieren en log fold change tussen patiënten van histologische klasse 3 en histologische klasse 1 met onaangetaste lymfeklieren

\(H_0: \log_2{FC}_{g3n1-g1n1} - \log_2{FC}_{g3n0-g1n0} = \hat\beta_{g3n1} = 0\), merk op dat deze hypothese ook equivalent is met \(H_0: \log_2{FC}_{g3n1-g3n0} - \log_2{FC}_{g1n1-g1n0} = \hat\beta_{g3n1} = 0\) \(\rightarrow\) “grade3:node1 = 0”