Soms heb je meer rekenkracht nodig dan wat je eigen computer kan leveren. In deze lessenreeks en later ook in andere cursussen zul je daarvoor dankbaar gebruik kunnen maken van de High Performance Computing¹ (HPC) infrastructuur van de UGent. HPC-UGent is een computernetwerk dat bestaat uit een groot aantal krachtige servers waar onderzoekers en studenten van de UGent — maar ook van andere universiteiten en onderzoekscentra — code kunnen laten uitvoeren die te zwaar is om lokaal op je eigen computer uitgevoerd te worden.

HPC-UGent is onderdeel van het Vlaams Supercomputer Centrum² (VSC). Om hun rekeninfrastructuur te kunnen gebruiken, heb je eerst een VSC-account nodig. Van zodra je aan de UGent bent ingeschreven in de cursus Computergebruik, zou je de dag nadien over een VSC-account moeten beschikken. Die wordt automatisch voor je aangemaakt.

Opmerking

Als je nog moet wachten tot je VSC-account actief wordt, dan kan je de eerste oefeningen van het werkcollege al oplossen via een lokale Linux-shell. Maar het loont zeker de moeite om die achteraf dan ook eens uit te voeren onder een Linux-shell van HPC-UGent om te zien of je verschillen waarneemt tussen beide computersystemen.

Opgave

Maak via SSH verbinding met HPC-UGent. Als dit gelukt is, dan mag je deze opdracht als gelezen markeren (onderaan deze pagina).

Een SSH-verbinding maken

SSH³ is een protocol dat onder andere toegepast wordt door het bijhorende commando ssh waarmee je vanaf een Linux-shell op je eigen computer kunt inloggen op een andere computer. Je krijgt dan een Linux-shell op die andere computer. Die nieuwe Linux-shell laat je toe om commando’s uit te voeren op de andere computer, op dezelfde manier waarmee je met een Linux-shell commando’s uitvoert op je eigen computer.

Om verbinding te maken met HPC-UGent maken we dus gebruik van het commando ssh. Dit commando is standaard beschikbaar onder de Linux-shell op je eigen computer. De eerste stap is het aanmaken van een SSH-sleutel. Open een shell en typ het volgende commando:

$ ssh-keygen -b 4096

Je zult gevraagd worden waar je de sleutel wil opslaan en of de sleutel moet beschermd worden met een wachtwoord. Je kan dit allemaal vrij kiezen, maar onthou wel waar de sleutel opgeslagen is (standaard is dit op ~/.ssh/id_rsa).

Als de sleutel aangemaakt is, dan moet je naar jouw accountinstellingen⁴ gaan bij het VSC. Onder “Edit account” kun je een SSH-sleutel opladen:

Selecteer je publieke sleutel (standaard ~/.ssh/id_rsa.pub) en bevestig de wijzigingen.

Publieke en private sleutels

Bij het aanmaken van een SSH-sleutel worden er altijd twee bestanden gegenereerd: een private sleutel (id_rsa) en een publieke sleutel (id_rsa.pub). Deel enkel je publieke sleutel (id_rsa.pub) met HPC-UGent. Het andere bestand zonder .pub is de private sleutel en moet je geheimhouden!

Merk op dat het ongeveer 10 tot 15 minuten kan duren voor de nieuwe sleutel geactiveerd wordt. Daarna kun je onder je lokale Linux-shell op de volgende manier verbinding maken HPC-UGent:

$ ssh vscXXXXX@login.hpc.ugent.be

Hierbij moet vscXXXXX vervangen worden door je eigen VSC gebruikers-ID (uid), die je kan vinden op jouw VSC-profielpagina⁵ onder “General information -> Uid”.

Om de verbinding met HPC-UGent te verbreken, kun je de commando’s logout of exit gebruiken of CTRL + D indrukken. Je komt dan terug in je lokale Linux-shell terecht.

Bestanden uitwisselen met HPC-UGent

Om bestanden uit te wisselen tussen je eigen computer en HPC-UGent kun je het scp commando⁶ gebruiken. Met dit commando kun je via SSH bestanden uploaden naar of downloaden van eender welke computer waar je toegang toe hebt.

Meer info

Op de HPC-UGent website⁷ vind je alle info over de high performance computing infrastructuur van de UGent. Er is een uitgebreide handleiding⁸ en je kan het user support team via mail contacteren⁹: hpc@ugent.be¹⁰. Vermeld daarbij steeds je naam, vscXXXXX account id, en probeer het probleem zo duidelijk mogelijk te omschrijven door bijvoorbeeld de foutboodschap die je krijgt toe te voegen aan je mail (liefst in tekst en niet via screenshot). Gebruik dit formulier¹¹ om te vragen om bijkomende software te installeren op HPC-UGent.