We modelleren de \(log_2\)-getransformeerde intensiteiten met het volgende model, waarbij 2 hoofdeffecten en 1 interactie worden opgenomen:
\[Y=\beta_0+\beta_{g3}x_{g3}+\beta_{n1}x_{n1}+\beta_{g3n1}x_{g3}x_{n1} + \epsilon,\]Met:
\(\beta_0\) het intercept,
\(\beta_{g3}\) het hoofdeffect voor klasse,
\(x_{g3}\) een dummy-variabele voor histologische klasse (“grade”) die 0 is voor histologische klasse 1 (onze referentieklasse) en 1 is voor histologische klasse 3,
\(\beta_{n1}\) het hoofdeffect voor lymfeklierstatus,
\(x_{n1}\) een dummy-variabele die 0 is voor de metingen van patiënten met niet-aangetaste lymfeklieren (referentieklasse) en 1 voor patiënten waarvoor de lymfeklieren verwijderd zijn,
\(\beta_{g3n1}\) het interactie-effect tussen klasse en lymfeklierstatus en
\(\epsilon\) de error term die verondersteld wordt om onafhankelijk en \(N(0,\sigma^2)\) verdeeld te zijn.