We zagen duidelijk een effect van de transplantatie op de relatieve abundantie van Staphylococcus. We vragen ons nu af of het effect groot genoeg om te kunnen concluderen dat de behandeling werkt?
Hoe kunnen we met andere woorden de conclusies uit de steekproef veralgemenen naar de populatie toe? inductie. Op basis van de steekproef kunnen we het effect, gemiddeld verschil in relatieve abundantie tussen beide behandelingsgroepen, schatten in de populatie. De prijs die we hiervoor betalen is onzekerheid! Omdat we niet alle personen in de populatie hebben kunnen testen zullen we echter nooit absoluut zeker kunnen zijn over onze conclusies.
Om de conclusies uit de steekproef te veralgemenen naar de populatie maken we gebruik van een derde tak van de statistiek: Statistische besluitvorming.
Met data kunnen we niet bewijzen dat een behandeling werkt.
Falsificatie principe van Popper: Data kunnen enkel een hypothese of een theorie ontkrachten.
Met statistiek kunnen we dus niet aantonen dat de behandeling werkt.
Statistiek zal ons wel toelaten om het omgekeerde te falsifiëren: als we veronderstellen dat er geen effect van de behandeling, spreekt de data in de steekproef dit tegen?
Met statistiek kunnen we berekenen hoe waarschijnlijk het is om in een random steekproef (nieuw experiment) een verschil in gemiddelde relatieve abundantie te zien tussen transplantatie (\(\bar X_\text{transplant}\)) en placebo groep (\(\bar X_\text{placebo}\)) dat minstens 22.2% bedraagt als de behandeling geen effect zou hebben.
\[p=P( \vert \bar X_\text{transplant}-\bar X_\text{placebo}\vert \vert \geq 22.2\% \vert \text{geen effect van de behandeling})\]Die kans wordt een p-waarde genoemd.
Als p heel klein is, dan is het heel onwaarschijnlijk om een dergelijk effect door toeval te observeren in een steekproef als er in werkelijkheid geen effect is van de behandeling.
Om de kans p te berekenen is het nodig om de data te modelleren met een
statistisch model. Hiervoor zullen we bepaalde aannames moeten doen. In
hoofdstuk 5 zien we dat we dit kunnen doen d.m.v. de t.test functie.
t.test(rel~trt,data=ap)
##
## Welch Two Sample t-test
##
## data: rel by trt
## t = -5.0334, df = 15.892, p-value = 0.0001249
## alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
## 95 percent confidence interval:
## -31.62100 -12.87163
## sample estimates:
## mean in group placebo mean in group transplant
## 44.15496 66.40127
Als er in werkelijkheid geen effect is van de behandeling en als de model aannames correct zijn dan verwachten we in minder dan 2 op 10000 random steekproeven een verschil van minstens 22.2% in de relatieve abundantie tussen beide behandelingsgroepen. Deze kans is heel klein. Het is dus heel onwaarschijnlijk om dergelijk verschil in relatieve abundantie te observeren in een random steekproef als er geen effect van de behandeling zou zijn.
We kunnen daarom de hypothese dat er geen effect is van de behandeling verwerpen en concluderen:
Er is een statistisch significant verschil in gemiddelde relatieve abundantie van Staphylococcus in het okselmicrobiome van personen met een zweetgeur die worden behandeld met de transplantie en personen die behandeld worden met de placebo behandeling. Gemiddeld is de relatieve abundantie van Staphylococcus in het microbiome van personen met een zweetgeur is 22.2% hoger na microbiome transplantie dan na de placebo behandeling.
Merk op dat een experiment onderhevig is aan random variabiliteit. Als we het experiment opnieuw uit zouden voeren zullen we andere proefpersonen in de steekproef opnemen. Bijgevolg zullen we ook andere relatieve abundanties meten.
Daardoor zijn ook onze conclusies onderhevig aan random variabiliteit.
Zelfs al zou er in werkelijkheid geen effect zijn van de behandeling dan kunnen we in een random steekproef met 10 mensen in de placebo en 10 mensen in de behandelingsgroep toch ook een verschil in relatieve abundantie observeren die minsten 22.2% is. Dat kunnen we in 1 op de 10000 experimenten verwachten.
In dergelijke steekproef zal men ten onrechte besluiten dat er bewijs is dat de transplantie behandeling werkt.
Intuïtief voelen we aan dat we dus niet met absolute zekerheid uitspraken kunnen doen over populatiekarakteristieken op basis van een eindige steekproef.
Typisch zullen we de p-waarde vergelijken met 5% vooraleer we beslissen dat een behandeling werkt. We zullen de kans op het maken van foute conclusies dus controleren op 5%.
In de volgende case studie zullen we bestuderen hoe de metingen, de resultaten en de conclusies kunnen variëren van steekproef tot steekproef.